昌吉回族自治州中醫(yī)醫(yī)院成立于1988年4月14日，它是在自治黨委及政府的關(guān)懷和支持下，全部用地方財力建設(shè)起來的。它占地33858平方米，總建筑面積21738.9平方米，是以中醫(yī)為主，西醫(yī)、中西醫(yī)結(jié)合三支力量齊備，集醫(yī)療、教學(xué)、科研、保健為一體的“三級乙等”中醫(yī)醫(yī)院，自治區(qū)小兒麻痹矯治手術(shù)、白內(nèi)障復(fù)明、低視力復(fù)明定點醫(yī)院，新疆醫(yī)科大學(xué)實習(xí)醫(yī)院。

醫(yī)院有職能科室11個，臨床科室8個，醫(yī)技科室10個，設(shè)床220張，職工320人，專業(yè)技術(shù)人員占職工總數(shù)的84%，其中主任、副主任醫(yī)師24名，主治（管）醫(yī)、藥、護、技師80名，年門診量12萬人次。

醫(yī)院現(xiàn)有固定資產(chǎn)近2000萬元，擁有日本島津5000TX全身CT機，美國產(chǎn)電視腹腔鏡、前列腺激光治療儀、美國惠普HX彩色多普勒超聲診斷儀、白內(nèi)障超聲乳化治療儀、全自動生化分析儀、潘太克斯電子胃鏡、FX心臟檢測工作站、24小時全息動態(tài)心電圖儀、動態(tài)血壓監(jiān)測儀、血液透析機、體外震波碎石機、高壓氧艙等各類中高檔醫(yī)療設(shè)備56臺（件），為正確診斷和治療創(chuàng)造了條件。

醫(yī)院在建設(shè)和發(fā)展中以鄧小平建設(shè)有中國特色社會主義理論為指導(dǎo)，堅持實事求是，一切從實際出發(fā)的原則，圍繞中心、突出重點、兼顧全局，以基礎(chǔ)設(shè)施、基本設(shè)備、基本功能建設(shè)為主，以提高醫(yī)院技術(shù)水平為出發(fā)點，狠抓技術(shù)質(zhì)量。醫(yī)院立足三優(yōu)服務(wù)，放眼三個**（信譽**、質(zhì)量**、服務(wù)**），一手抓科學(xué)管理、一手抓人才設(shè)備，充分調(diào)動各方面積極因素，發(fā)揮“人才、設(shè)備、服務(wù)”功能，強化管理意識，加強醫(yī)院的軟硬件建設(shè)，建立健全全面質(zhì)量管理的組織領(lǐng)導(dǎo)體系，將全面質(zhì)量管理法的計劃、實施、檢查、總結(jié)用于醫(yī)療技術(shù)的管理，實現(xiàn)了病歷書寫規(guī)格化、辯證論治規(guī)范化、技術(shù)操作標準化和醫(yī)療指標數(shù)據(jù)化。完善和健全醫(yī)院各項規(guī)章制度、操作規(guī)程、崗位責(zé)任制達298項。近年來，隨著醫(yī)療業(yè)務(wù)的發(fā)展，醫(yī)院內(nèi)涵建設(shè)得到了加強，突出中醫(yī)特色，加強專科建設(shè)，充分發(fā)揮中醫(yī)、西醫(yī)、中西醫(yī)結(jié)合三支力量的作用，做到院有專科、科有專病、人有專長、病有專藥。以重點科室為主體，先后成立了中風(fēng)后遺癥、糖尿病、肝炎、風(fēng)濕病等專病小級和專科專病門診25個，拓寬了服務(wù)領(lǐng)域，增強了適應(yīng)社會和患者需求的能力。醫(yī)院研制的益肝片、活血降脂沖劑、接骨片、功腰丸、愈瘍片、喘貼靈等臨床療效顯著，多次獲得州、區(qū)及國家獎勵。

醫(yī)院研制的益肝片、活血降脂沖劑、接骨片、功腰丸、愈瘍片、喘貼靈等臨床療效顯著，多次獲得州、區(qū)及國家獎勵。