四川省中醫藥研究院中醫研究所是集科研、醫療為一體的省級中醫科研機構。該所前身為四川省中醫研究所，建于1979年，1996年更名為“四川省中醫藥研究院中醫研究所”，并增掛“四川省中醫藥研究院中醫醫院”的牌子。四川省中醫藥研究院中醫研究所現有職工230名，其中專業技術人員185人，具有高級職稱者52名，四川省名中醫2名，四川省優秀中青年專家1名。享受政府特殊津貼的專家9名。自建所以來，先后承擔了國家級、省級、廳局級科研課題35項，協作課題20多項，對外技術服務185項，獲省級以上科技成果獎30余項，歷年來有健兒散治療小兒厭食癥、靛玉紅治療白血病及電鏡掃描加x線能譜對川產10味道地藥材形態學和無機成份的研究等成果獲衛生部、國家科委獎。玉參降糖膠囊治療糖尿病、化痔注射液治療內外痔及乳塊靈治療乳腺病等成果獲省科技進步獎；還有深受病員歡迎的應用型成果消溶膽石片、祛痔丸、外傷靈、多葉咽寧、強力補血散、口炎康口服液等應用于臨床。該所的骨傷骨病研究室系省中醫管理局重點研究機構。四川省中醫藥研究院中醫研究所堅持科研為醫療服務，為人民健康服務的原則，努力發掘祖國醫學寶庫，繼承發揚名老中醫的診療經驗，用觀代科學手段開展臨床醫學研究，特別注意發揮中醫藥的獨特優勢，對危害人民健康較大的心腦血管疾病、呼吸系統疾病、血液病、糖尿病、肝膽疾病、骨傷骨病、肛腸、乳腺及皮膚病等進行研究。四川省中醫藥研究院中醫研究所（院）開設有門診部和住院部。門診部設有內、外、婦、兒、骨傷、肛腸、眼科、口腔、五官科、急診室、放射科、物理診。斷室等17個診療醫技科室；住院部開設有內科、骨傷科、眼科、肛腸科、西醫外科，有病床100張。充分利用技術人才優勢，加強專科專病建設，先后建成了骨傷科、肛腸科、乳腺外科、中醫美容、消化、呼吸、咳喘、血液、心腦血管疾病、腎病、肝病等專科專病診室，各專科均研制有療效肯定的專科用藥。四川省中醫藥研究院中醫研究所藥劑科技力量雄厚，有較完善和先進的中藥制劑生產設備，能以多種劑型生產近百種科研及醫院制劑，質量高、療效好，深受病員歡迎。改革開放以來，特別是近幾年，在新一屆領導班子領導下，高舉鄧小平理論偉大族幟，堅持改革開放，加強科學管理，從嚴治所，狠抓醫德醫風及制度化建設，通過開展基礎管理、經濟管理、質量管理、“創建等級醫院、文明單位，實行院長負責制、目標管理責任制等一系列活動，使全所面貌發生巨大的變化，邁上了新的臺階。所領導班子連續兩年被省衛生廳評為“四好”領導班子。