北京大學口腔醫學院是全國重點高等院校附屬三級甲等專科醫院，實行口腔醫院、口腔醫學院、口腔醫學研究所三位一體的管理體制，系國家級口腔醫學中心。

2001年,為緩解人民群眾看牙病難及配合北京市的申奧工作,北京大學口腔醫院在北京市奧運村中心地區設立了第二門診部，法人代表為徐韜院長，性質為國有非營利性，執行與北京大學口腔醫院統一的醫療質量管理制度和收費標準，為北京市基本醫療保險定點專科醫療機構。

北京大學口腔醫院第二門診部現有各級專家和醫師51人，護技69人，行政及輔助人員20人，診療場所面積2000平方米，42臺口腔綜合治療椅。設有口腔正畸科、修復科、牙周科、牙體牙髓科、口腔綜合治療科、牙種植門診等臨床科室，除了開展洗牙、補牙、拔牙、牙齒矯正、鑲牙等常規治療外，還開展牙種植、隱形舌側正畸、全瓷冠修復等與國際接軌的先進治療項目。作為北京大學-香港大學牙周專業臨床培訓中心，第二門診部在牙周病診治領域具有豐富的經驗和較強的技術支持。第二門診部成立7年來共診療30余萬人次，無一例醫療事故，現日均門診量300人次。

北京大學口腔醫院第二門診部可以電話預約看牙時間，無須早起排隊掛號，開診時間為早8：00－晚6：00，周六、日全天門診，適合不愿因為看牙耽誤上班和孩子學習的居民。

北京大學口腔醫院第二門診部承諾執行最嚴格的消毒管理措施，確保一人一機，杜絕乙肝，愛滋病等傳染性疾病交叉感染的可能。