濟南軍區總醫院是一所集醫、教、研、預防、保健于一體的現代化綜合性“三級甲等醫院”，展開床位2000余張，設臨床、醫技科室58個。
　　醫院現有6個全軍醫學專科（專病）中心，即神經內科中心、神經外科中心、小兒心臟外科中心、創傷骨科中心、肝硬化診治中心、腎移植與透析治療中心；5個國家（軍隊）基地，即國家藥物臨床試驗基地，“軍隊冠心病介入診療培訓基地”、“中華醫學會顯微外科技術培訓基地”、“中華醫學會消化內鏡醫師培訓中心山東基地”、“全軍血液凈化專科護理培訓基地”。醫院是全軍計劃生育優生優育技術中心。6個軍區醫學研究所，包括心臟病、腎臟病、骨科、神經醫學、腫瘤學、醫學影像等研究所；另有10個軍區中心，即消化內科、醫學檢驗、心臟外科、婦科、眼科、口腔科、心血管內科、燒傷整形外科中心和血液中心、遠程會診中心。
　　醫院的優勢技術有：骨創傷外科，特別是手、足外科技術；組織器官移植（腎、肝、角膜、骨髓移植），其中腎移植技術及數量列全國前10位；四肢淋巴水腫（橡皮腿）的外科綜合治療技術；干細胞的培養、轉基因技術在脊髓損傷治療中的應用；腦血管病的微創手術，血管內介入治療，功能性疾病的微創治療，腦外傷的早期救治與功能康復。冠心病的復雜介入診療、先天性心臟病的矯治、血液凈化技術、腎活檢、肝硬化治療、血液病治療等在省內也具有較大優勢。蔡錦方教授被評為“中國顯微外科杰出貢獻獎”。
　　醫院擁有各類專業技術人員2000余名，其中高職專家287人，博士、碩士研究生導師71名，享受政府特殊津貼21名，全軍高層次科技創新人才1名，軍區高層次人才培養對象24名。醫院博士后科研工作站在站博士后23人，并與全區6個單位10個專業學科建立了聯合培養點，形成了“立足總院、輻射全區”的人才培養平臺。
　　醫院醫療設備總值4.7億元。其中，PET-CT、ECT、320排CT、雙梯度1.5T磁共振、檢驗流水線、DSA、超級伽馬刀、三維超聲等設備均達國際、國內先進水平。“十一五”期間我院共獲各級各類科技成果獎107項，其中省部級二等獎27項，三等獎80項；統計源期刊論文894篇，SCI收錄論文21篇，出版專著122部，發明專利15項、實用新型專利124項。蔡錦方教授被評為“中國顯微外科杰出貢獻獎”。
　　醫院近年來連續被評為“全國百姓放心示范醫院”、“全國醫院感染管理先進單位”、“全國綜合醫院中醫藥工作示范單位”、“全軍為部隊服務先進醫院”、“衛生信息化建設先進單位”、“愛民醫院”、“省百佳醫院”和“物價信得過單位”，被聯合國兒童基金會評為“愛嬰醫院”，是山東省和濟南市各類醫療保險、“新農合”定點單位。