安徽省兒童醫(yī)院籌建于1982年，1990年開診,在幾任領導班子的辛勤努力下，尤其是2007年以來，在以金玉蓮院長為首的新一屆領導班子的帶領下，全院職工本著“仁愛、厚德、和諧、創(chuàng)新”的治院精神，勵精圖治，不斷創(chuàng)新。現(xiàn)已發(fā)展成為全省唯一一所設備先進、學科門類齊全、集醫(yī)療、教學、科研、預防、保健、康復為一體的省級大型綜合性三級甲等兒童專科醫(yī)院，安徽省兒童醫(yī)療協(xié)會會長單位，安徽省兒童急救中心，安徽醫(yī)科大學臨床學院，北京兒童醫(yī)院集團首家成員單位。擔負著全省近2000萬兒童醫(yī)療保健任務和危急重患兒的醫(yī)療救護工作。
　　醫(yī)院占地面積5萬平方米，擁有醫(yī)療用房4.8萬平方米，2010年新建的十六層門診住院綜合樓投入使用，2012年老住院樓改擴建工程竣工投入使用。2013年4000平方米的安徽省兒童急救中心樓竣工投入使用。2.7萬平方米的感染性疾病門診住院綜合樓已開工建設，建成后，醫(yī)院開放床位將達到1500張。目前醫(yī)院開放床位1200張，開設26個病區(qū)，11個醫(yī)技科室，30個臨床專科。年門診量100萬人次，年出院病人4.8萬人次，年住院手術1.3萬多臺次。全院現(xiàn)有職工1300人,中級以上職稱326人，其中高級職稱110人，擔任省級以上學科帶頭人和學術團體負責人32人。現(xiàn)代化醫(yī)療、科研設備不斷充實，2010年利用奧地利政府5000萬元貸款購置的全國一流帶環(huán)境體驗的1.5T核磁共振、64排螺旋CT已經(jīng)投入使用。醫(yī)用設備總值達1.5億元，為診斷、治療的高效率、高質(zhì)量和進行科研提供了雄厚的技術保證。
　　醫(yī)院學科門類齊全，內(nèi)科系統(tǒng)設有新生兒內(nèi)科、呼吸內(nèi)科、消化內(nèi)科、腎內(nèi)科、血液內(nèi)科、神經(jīng)內(nèi)科、風濕免疫科、感染科、心血管內(nèi)科等，急救中心設有急診內(nèi)科、急診外科、院前急救轉運、急診綜合病房、PICU等，外科系統(tǒng)設有普外科、心臟外科、胸外科、神經(jīng)外科、新生兒外科、泌尿外科、骨科、燒傷整形科、大五官科等。新生兒科、普外科已分別開設兩個病區(qū)，呼吸內(nèi)科已開設三個病區(qū)；新生兒科、小兒心胸外科、小兒骨科系安徽省臨床醫(yī)學重點學科。醫(yī)院同時被評定為全省兒科重癥監(jiān)護專科護士培訓基地、全省婦幼醫(yī)護培訓基地。醫(yī)院大力實施科教興院戰(zhàn)略，鼓勵開展新項目，支持臨床科研，在危重新生兒的搶救、小兒先天性食道閉鎖等先天性畸形、小兒腦癱、癲癇、哮喘、腎病、先天性骨關節(jié)畸形、小兒先心病診治以及兒童白血病、惡性腫瘤化療、兒童保健等方面均居全省乃至全國領先水平。醫(yī)院成為全省兒科的醫(yī)、教、研中心。2013年4月安徽省兒童急救中心落戶該院，2013年5月該院正式加入北京兒童醫(yī)院集團。
　　醫(yī)院先后獲得“全國衛(wèi)生系統(tǒng)先進集體”、“全國巾幗文明示范崗”、“省直文明單位”、“全國院務公開先進單位”“安徽省誠信醫(yī)院”“合肥市消防安全能力建設4A級單位”“全國創(chuàng)先爭優(yōu)先進集體”等各種榮譽稱號近五十項。
　　在醫(yī)院得到快速發(fā)展的同時，為迅速改變安徽省目前兒童醫(yī)療資源嚴重不足、兒科醫(yī)師緊缺的現(xiàn)狀，充分發(fā)揮省兒童醫(yī)院在全省兒科的龍頭帶動作用，由該院牽頭在全國率先成立了首家兒童醫(yī)療協(xié)會，為全省兒科醫(yī)師搭建一個科研工作、學術交流和業(yè)務培訓的平臺。協(xié)助衛(wèi)生廳出臺了《安徽省“十二五”兒童醫(yī)療救治體系建設指導意見》；對全省基層兒科醫(yī)師進行規(guī)范化培訓；成立安徽省兒童急救中心，開通安徽省兒童“120”，構建了一個以省為龍頭，地市縣為樞紐，鄉(xiāng)鎮(zhèn)村為網(wǎng)底的覆蓋全省的五級兒童醫(yī)療救治與急診急救體系。
　　新世紀，新機遇，醫(yī)院以更好地服務于全省兒童健康事業(yè)為己任，加快科技興院的步伐，努力提高醫(yī)院的整體實力和競爭能力，把醫(yī)院建設成為學科門類齊全、診療手段先進的國內(nèi)一流的兒童醫(yī)院。