南京醫(yī)科大學(xué)眼科醫(yī)院系南京醫(yī)科大學(xué)附屬眼科醫(yī)院，江蘇省紅十字眼科醫(yī)院，隸屬于南京醫(yī)科大學(xué)第四臨床醫(yī)學(xué)院，是在原中日友好南京眼科醫(yī)院的基礎(chǔ)上創(chuàng)建的融醫(yī)療、教學(xué)、科研于一體、與國際接軌的目前江蘇省唯一一家三級眼科專科非營利性醫(yī)院，是江蘇省公費醫(yī)療、新農(nóng)合、南京市公費醫(yī)療及江蘇省、南京市城鎮(zhèn)職工和居民醫(yī)保定點眼科專科醫(yī)院，是江蘇醫(yī)保和新農(nóng)合省級轉(zhuǎn)診定點醫(yī)院。為江蘇省驗光配鏡從業(yè)人員實訓(xùn)考核基地，江蘇省中小學(xué)生眼保健教育示范基地，南京醫(yī)科大學(xué)碩士生培養(yǎng)基地，南京醫(yī)科大學(xué)博士生培養(yǎng)點，中國中西醫(yī)結(jié)合學(xué)會眼科專業(yè)委員會眼視光協(xié)作組組長單位，擁有中央與地方共建高校特色優(yōu)勢學(xué)科實驗室——南京醫(yī)科大學(xué)醫(yī)學(xué)視光學(xué)教學(xué)實驗室、南京醫(yī)科大學(xué)眼視光學(xué)和視覺科學(xué)重點實驗室，南京市眼科醫(yī)學(xué)重點專科，南京醫(yī)科大學(xué)眼科學(xué)（眼視光學(xué)）校級重點學(xué)科。2012年8月27日，醫(yī)院被評為國家臨床重點專科建設(shè)項目單位。
　　1994年在江蘇省衛(wèi)生廳、南京醫(yī)科大學(xué)及其一附院的關(guān)心下，在日本名古屋NAGALION俱樂部、國際著名眼科專家安藤文隆博士、邱信男院長、杉田院長等國際友人的共同支持下，誕生了江蘇省第一個國際合作性眼科專科醫(yī)院——中日友好南京眼科醫(yī)院（江蘇省人民醫(yī)院眼科分院）。醫(yī)院在江蘇省率先開展了視網(wǎng)膜玻璃體手術(shù)、白內(nèi)障超聲乳化人工晶體植入術(shù)、飛秒激光近視矯正、深板層角膜移植術(shù)、眼前段再造術(shù)、難治性眼外傷手術(shù)（包括眼內(nèi)非磁性異物取出術(shù)及聯(lián)合角膜移植人工晶體植入視網(wǎng)膜玻璃體手術(shù)）、非穿透濾過手術(shù)等一系列與國際水平同步的現(xiàn)代顯微眼科手術(shù)，至今仍然代表著眼科臨床最復(fù)雜的手術(shù)技能，為江蘇省眼科手術(shù)水平的整體提高，作出了巨大貢獻(xiàn)。經(jīng)過多年臨床實踐的積淀，形成了醫(yī)院的顯著特色，即高水平的眼科顯微手術(shù)技術(shù)和高技能診治疑難雜癥。
　　2004年10月，南京醫(yī)科大學(xué)眼科醫(yī)院創(chuàng)建。醫(yī)院一期建筑面積3360m2，床位數(shù)80張，是目前南京市所有醫(yī)院中眼科床位數(shù)最多的眼科醫(yī)院。職工133人。醫(yī)院依托南京醫(yī)科大學(xué)的雄厚資源，堅持“人才興院”、“科技興院”的方針，積極引進(jìn)高端人才，組建高層次的醫(yī)療隊伍。目前，醫(yī)院擁有副教授（副主任醫(yī)師）以上20人，其中教授（主任醫(yī)師）9人，副教授（副主任醫(yī)師）11人，博士5人，博士生導(dǎo)師1人，碩士生導(dǎo)師3人，具有全省所有醫(yī)院中眼科整體實力最強的人才優(yōu)勢。人才優(yōu)勢使醫(yī)院具有及時掌握和運用國際最新眼科技術(shù)的實力，已獲得中華醫(yī)學(xué)科技獎三等獎、江蘇省醫(yī)學(xué)科技進(jìn)步一等獎一項、江蘇省科技進(jìn)步三等獎三項、衛(wèi)生廳科技進(jìn)步獎、新技術(shù)引進(jìn)獎一等獎各一項，承擔(dān)國家自然科學(xué)基金二項，國家“973”前期專項課題一項，完成江蘇省自然科學(xué)基金(基礎(chǔ)研究計劃)項目兩項，江蘇省高校自然科學(xué)基礎(chǔ)研究項目兩項，南京市科技計劃項目一項，南京醫(yī)科大學(xué)校內(nèi)基金七項，江蘇省博士后基金兩項。醫(yī)院不斷加強師資隊伍建設(shè)，承擔(dān)了南京醫(yī)科大學(xué)兒科、心理以及醫(yī)學(xué)影像專業(yè)《眼科學(xué)》理論和見習(xí)教學(xué)任務(wù)，2006級眼耳鼻喉專業(yè)《眼科學(xué)》與《臨床視光學(xué)》理論和見習(xí)、實習(xí)教學(xué)任務(wù)，南京中醫(yī)藥大學(xué)《視覺神經(jīng)生理學(xué)》理論和見習(xí)教學(xué)任務(wù)以及金陵視光學(xué)院眼視光專業(yè)學(xué)生實習(xí)任務(wù)。眼視光專業(yè)獲得衛(wèi)生部、教育部批準(zhǔn)，已于2009年招生，目前在校76名學(xué)生。在積極開展醫(yī)療、教學(xué)的基礎(chǔ)上，醫(yī)院把開展科研任務(wù)放在醫(yī)院發(fā)展的重要地位。自成立以來，醫(yī)院已有33篇學(xué)術(shù)論文被SCI收錄。
　　醫(yī)院眼科系南京市醫(yī)學(xué)重點專科，設(shè)有白內(nèi)障科、青光眼科、屈光、角膜病科、葡萄膜眼底病科、眼外傷科、、眼表科、淚道疾病科、眼肌斜弱視科、中西醫(yī)結(jié)合眼科、眼腫瘤整形科等16個專科，開設(shè)了專家專病門診，由著名專家擔(dān)任學(xué)科專科帶頭人。
　　醫(yī)院在江蘇省內(nèi)率先制訂了各類疾病的規(guī)范診療流程，如斜視弱視診療流程、青光眼診療流程、眼底病診療流程、白內(nèi)障診療流、醫(yī)學(xué)驗光診療流程等，做到充分利用循證醫(yī)學(xué)，使診療行為規(guī)范化，從而對一些容易忽視、誤診的眼科疾病做到早期發(fā)現(xiàn)、診斷和治療。
　　醫(yī)院擁有江蘇省內(nèi)最先進(jìn)的全套眼科診療設(shè)備，包括準(zhǔn)分子激光近視治療儀、YAG激光機、532眼底激光機、超聲乳化儀（冷超乳）、玻璃體切割機、ZEISS手術(shù)顯微鏡等全套進(jìn)口治療設(shè)備以及OCT（光學(xué)相干斷層掃描）、全套視覺電生理檢查儀、視野檢查儀、眼底照相及眼底熒光血管造影和脈絡(luò)膜血管造影儀、附20Hz的最新眼科專科A/B超、角膜地形圖、IOL-master、全景200廣角激光眼底照相機、博士倫MILLENNIUMTM玻切/超聲乳化儀、SOVEREIGNCOMPACT超聲乳化儀、Zeiss手術(shù)顯微鏡、角膜共焦顯微鏡、角膜內(nèi)皮檢查儀、視網(wǎng)膜厚度分析儀等一系列進(jìn)口檢查設(shè)備，具有省內(nèi)設(shè)備最先進(jìn)、最新最全的優(yōu)勢。
　　醫(yī)院與美國哈佛大學(xué)、布朗大學(xué)、普魯維頓斯大學(xué)、日本名古屋大學(xué)、杉田眼科病院等有著廣泛的國際間學(xué)術(shù)交流。從2004年10月建立以來，已為江蘇省及外省市30多萬名眼科疑難病人以及外賓服務(wù)，贏得了良好的社會聲譽。2006年底和2007年初，國家發(fā)改委綜合改革司副司長連啟華、國家醫(yī)師協(xié)會會長殷大奎分別率員對醫(yī)院進(jìn)行考察，對醫(yī)院規(guī)范管理、高水平治療、親情式服務(wù)給予高度評價。醫(yī)院被南京市醫(yī)保評為“AAA級誠信單位”，被南京市衛(wèi)生局授予“全市醫(yī)院管理年活動先進(jìn)單位”，被江蘇省人力資源和社會保障廳授予“江蘇省省級公費醫(yī)療定點醫(yī)院先進(jìn)單位”，被江蘇省物價局授予“江蘇省價格誠信單位”，被江蘇省衛(wèi)生廳評為“江蘇省平安醫(yī)院”醫(yī)院，黨組織被鼓樓區(qū)委授予“先進(jìn)基層黨組織”。
　　為了回報各級政府和社會對醫(yī)院的厚愛，醫(yī)院參與了大量的公益活動。組織專家到南京社區(qū)舉辦預(yù)防眼病講座，定期組織專家義診，組織醫(yī)療隊到鄉(xiāng)鎮(zhèn)免費為眼病患者診療等。2006年，在省殘聯(lián)、省紅十字會、省衛(wèi)生廳組織的“江蘇博愛光明行動”中，醫(yī)院承擔(dān)了主要的醫(yī)療活動，免費為南京地區(qū)300多名生活困難的白內(nèi)障患者進(jìn)行了復(fù)明手術(shù)。2008年四川汶川大地震第2天，醫(yī)院向災(zāi)區(qū)捐款30萬元。2009年臺灣同胞遭受自然災(zāi)害，醫(yī)院在第一時間捐贈20萬元現(xiàn)金。2010年4月青海玉樹地震，醫(yī)院捐贈10萬元現(xiàn)金，全體員工用自己的行動展示“人道、博愛、奉獻(xiàn)”的精神。此外，醫(yī)院每年免費為享受低保的白內(nèi)障患者進(jìn)行手術(shù)，幾年來已治愈近千名患者。