醫院創建于1915年，是崇明地區規模最大、設施最先進，集醫療、教學、科研和管理為一體的現代化綜合性教學醫院，連續七屆被評為上海市文明單位。2009年，上海市政府提出“5+3+1”工程，政府授權上海交通大學醫學院附屬新華醫院負責全面管理和建設工作。2013年被授予三級乙等醫院稱號。　　學科齊全，特色鮮明　　醫院占地面積112畝，建筑面積約11.2萬平方米。核定床位數1000張，有33個臨床科室，18個病區。骨科、腫瘤科和普外科被列為市級重點專科；普外科、全科醫學科、唿吸內科、醫學影像科和婦產科等7個學科是上海市住院醫師規范化培訓教學基地。腫瘤科、急危重癥科、消化科和泌尿外科等13個學科是縣級重點學科，醫院設有內鏡室、導管室、血透室、特需體檢等多個診療平臺。各學科特色明顯，有腹腔鏡、胸腔鏡、宮腔鏡、輸尿管鏡等微創治療，超聲、放射、心血管病介入診治具有區域優勢。醫院在急危重癥病、疑難雜癥等疾病的救治水平屬區域內一流。　　科研教育，進步迅速　　醫院作為上海交通大學醫學院與安徽醫科大學教學醫院、蚌埠醫學院附屬醫院，承擔著一定的教學任務，培養了大批醫學生；近年來醫院廣納賢才，同時通過優青選拔、導師制培養搭建人才梯隊，為醫院發展注入活力和生機。目前，醫院在職職工1170人，專業技術人員占職工總人數的82%;。其中，具有中高級職稱的占專業技術人員52%;。新華總院派遣專家達46位，其中，常駐專家32位；正高級職稱30位，占65.22％；博士27位，占58.70％；博導、碩導22位，占47.83％。科研教育與學科建設取得有效突破。醫院目前是上海市唯一衛生部指定腫瘤規范化診療試點醫院；成立了上海市崇明新華癌痛轉化研究所暨上海大學生命科學學院醫藥轉換研究基地，癌痛轉化研究實驗室為市級實驗室。獲得國家級繼續教育項目10項。2012年成為上海市全科醫師規范化培訓基地。　　內外兼顧，聯動發展　　上海市新一輪醫改的一項重要惠民舉措是建立區域醫療聯合體。醫院作為醫療聯合體核心單位，與堡鎮人民醫院、廟鎮人民醫院建立聯動服務機制，發揮優質醫療資源最大潛力，開通“健康直通車”——“五個一”活動，即舉辦一次大型醫療義診，上好一堂健康科普講座，進行一次社區醫生業務指導，組織一場服務對象意見征詢會，開展一次院前急救演示，送醫到鄉鎮，廣受群眾歡迎。同時，醫院作為區域龍頭單位，充分發揮“領頭羊”作用，對基層醫療單位提供技術支撐和培訓指導任務。醫院還邀請上海各大醫院資深管理專家授課，加強干部培訓，開闊視野，不斷提升管理能力。　　設施一流，設備精良　　醫院擁有門急診醫技樓、住院病房樓和科教綜合樓等主體建筑。門診服務流程合理，溫馨便捷；病房設施齊全，管理規范。院內綠草如茵，四季鮮花斗艷，有玉蘭苑、桂花苑、櫻花林等園林景觀和島內唯一上海市優秀歷史保護建筑—黃家花園。醫院現有層流手術室共20間，其中百級2間，1.5T磁共振、64排CT、直線加速器、“海扶刀”、DSA（數字減影血管造影機）、SPECT(單光子發射計算機斷層成像術)，彩超、高壓氧艙、全自動生化分析儀器等，確保了診斷和治療的品質。　　加強交流，提升形象　　近年來，醫院采取“走出去，請進來”方式，不斷加強與外部的交流與合作，開闊眼界，打開思路，更新理念，定期舉辦島內外、海內外大型學術講座、業務交流、專題研討會，各類交流活動蓬勃開展，不斷為醫院發展注入新的活力。同時，新華醫院寧養院作為李嘉誠基金會支持的上海市首家寧養院，2010年8月把服務延伸至崇明島，寧養人通過定期上門訪視、門診服務、電話咨詢等方式，為島上腫瘤患者服務，受到患者和家屬的高度認可和一致好評，成為醫院精神文明建設的一道亮麗風景，也為醫院樹立了良好社會形象。