上海市（復旦大學附屬）公共衛生臨床中心（簡稱“公衛中心”）是復旦大學附屬三級甲等醫院、又名復旦大學附屬中山醫院南院；全國傳染病醫師進修教育培訓基地、中國疾病預防控制中心艾滋病臨床進修教育基地、上海市疾病控制中心臨床基地；為復旦大學傳染病學國家教育部重點學科組成部分、復旦大學婦產科學國家教育部重點學科組成部分、國家臨床重點專科（傳染病學）建設學組、上海市傳染病重點學科建設單位之一；國家級藥物臨床試驗機構資格認定單位；上海市危重孕產婦會診搶救中心、上海市產科肝病監護中心、上海市艾滋病診療中心、上海市新發與再現傳染病研究所、國家中醫藥管理局中醫藥防治傳染病重點研究室（臨床基地）建設單位。連續四屆蟬聯上海市文明單位。
　　公衛中心本部地處上海市金山區，緊鄰S4、G15高速公路亭衛公路出口處，占地33.3公頃，總建筑面積101389.22平方米；分部位于上海市虹口區，占地45畝，建筑面積2.6萬平方米。為2004年市政府一號工程，上海市加強公共衛生體系建設三年行動計劃的重要組成部分，于2004年11月16日落成啟用。
公衛中心現有職工800余名，匯集了復旦大學附屬中山醫院、華山醫院、復旦大學上海醫學院及原上海市傳染病醫院等各方專家、教授。公衛中心核定床位500張，主要收治病毒性肝炎、妊娠肝炎、傷寒、乙型腦炎、流行性出血熱、化膿性及結核性腦膜炎、腸道傳染病、艾滋病、肺結核、傳染性非典型性肺炎等各種法定傳染病。在重癥肝炎、妊娠肝炎、中樞神經系統感染和艾滋病治療等方面頗具特色，曾獲多項臨床成果獎和科研獎。公衛中心現設有肝病科、感染科、綜合內科、肝病臨床中心、婦產科、中醫科、呼吸科、外科、普外一科、胸外科、介入科、消化內科、麻醉科、兒科、五官科等臨床科室以及影像科、檢驗科、病理科、藥劑科等醫技科室。
　　公衛中心配置了先進的醫療儀器及科研設備，如數字血管造影機（DSA）、1.5T磁共振（MRI）、128排螺旋CT、多功能數字化X射線攝片機（DR）、高端彩超等一系列醫療診斷儀器，數字化手術室、ECMO體外膜肺氧合生命支持系統、MARS人工肝等治療類設備，以及多功能流式點陣儀、基因測序儀、貝克曼超速離心機等高端科研類設備，為臨床提供了強有力的支持。公衛中心還設有ICU病區、壓差病房、數字化信息管理系統（HIS）、醫學圖像存儲與傳輸系統（PACS）、遠程醫療和醫療示教系統，傳染病診治指揮中心可以通過圖像傳輸實現專家會診、學術交流、教學培訓、網上探視等多種功能。公衛中心與世界上主要的公共衛生科研機構保持著廣泛的合作。
站在新的起點，公衛人秉承“團結、奉獻、誠信、卓越”的醫院精神，圍繞建設具有較強綜合醫療救治能力的傳染病臨床醫療中心發展戰略，為建成上海市肝病、艾滋病、結核等感染與傳染性疾病診療中心和高水平的傳染病研究基地，建成上海市公共衛生的“快速反應部隊”和國際一流公共衛生臨床中心的目標而努力奮斗。