淋菌性肛門直腸炎主要見于男性同性戀，占40%。婦女則多由陰道自身感染所致，占35%～50%。直腸淋菌感染癥狀可僅僅有肛門瘙癢，無痛性黏液樣膿性分泌物，或少量出血，也可表現有里急后重，有膿性便，肛管黏膜充血，膿性分泌物，淋球菌培養陽性，男性同性戀多無臨床癥狀，分離出的淋球菌多為耐藥菌株，這可能是由于某些高度敏感的菌株迅速被大便中膽鹽或脂肪酸殺死，這類淋球菌耐膽鹽和脂肪酸，染色體內常帶有耐多種藥物的耐藥基因，治療較困難。
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